1596 ‒ Zawarcie Unii Brzeskiej. Parafia w Hodyszewie przystąpiła do Unii kilka lat później. Miejscowa społeczność uznała zwierzchność papieża rzymskiego i dogmaty katolickie, zachowując obrządek wschodni. Cerkiew prawosławna stała się odtąd świątynią unicką.
1775 – Staraniem ks. Antoniego Bańkowskiego wzniesiono nowy kościół.
1875 – Na mocy dekretu cara Aleksandra II Unici zostali administracyjnie włączeni do Cerkwi Prawosławnej. Spowodowało to liczne represje Unitów na Podlasiu.
1881 – Zakończenie budowy i poświęcenie nowej cerkwi murowanej. Rozebrano kościół unicki i z odzyskanego materiału wybudowano kaplicę, którą w okresie międzywojennym przeniesiono na Krynicę, gdzie znajduje się do dzisiaj.
1915 – Ucieczka prawosławnych przed zbliżającymi się wojskami niemieckimi. Wywiezienie cudownego obrazu Matki Bożej Hodyszewskiej w głąb Rosji.
1917 – Początki parafii rzymskokatolickiej w Hodyszewie dzięki pracy ks. Józefa Gustajtisa.
1928 – 26 maja, uroczysty powrót cudownego obrazu Matki Bożej do Hodyszewa. Proboszcz ks. Antoni Szwaluk rozpoczyna zbiórkę na budowę nowej świątyni.
1932 ‒ Proboszcz ks. Marcjan Dąbrowski rozpoczyna budowę kościoła według projektu architekta Oskara Sosnowskiego.
1945 ‒ Proboszcz ks. Edward Polak po zniszczeniach wojennych wznowił prace przy kościele oraz wybudował dom parafialny.
1949 ‒ 22 maja, bp Czesław Falkowski dokonał poświęcenia kościoła i przeniesienia do nowej świątyni cudownego obrazu Matki Bożej.
1967-1975 ‒ Okres poważnych prac przy kościele jakie podjął proboszcz ks. Bolesław Garbowski (została wylana żelbetonowa kopuła, wewnątrz świątyni wykonano tynki, a plac kościelny ogrodzono parkanem).
1976 ‒ 24 maja, bp Mikołaj Sasinowski, ordynariusz diecezji łomżyńskiej, zlecił pracę duszpasterską w Sanktuarium Matki Bożej w Hodyszewie Stowarzyszeniu Apostolstwa Katolickiego (Księżom i Braciom Pallotynom). Pierwszym proboszczem i kustoszem Sanktuarium został ks. Marian Dziczek SAC.
1980 ‒ 31 sierpnia, odbyła się uroczystość koronacji cudownego obrazu Matki Bożej Hodyszewskiej koronami papieskimi. Uroczystościom przewodniczył J.E. kard. Franciszek Macharski w asyście trzynastu biskupów i blisko stu tysięcy wiernych. Matka Boża Hodyszewska otrzymała nowy tytuł Matka Boża Pojednania
2011-2012 – Wykonano nowy dach kościoła ufundowany przez pana Krzysztofa Pruszyńskiego.
2016-2018 – Na placu koronacyjnym powstała Droga Krzyżowa.
2018-2020 – Wewnątrz świątyni zostały wykonane polichromie zaprojektowane i wykonane przez firmę „Obraz” ze Lwowa.
2022 – Wykonano nowe tabernakulum (Pracownia Rzemiosł Artystycznych Stanisława Stopyry) oraz mozaikę Matki Bożej Hodyszewskiej na frontonie kościoła (artysta Mirosław Grzelak z Łodzi).